Структура университета

• Факультеты университета

• Кафедра биофизики
• Кафедра общей и прикладной геофизики
• Кафедра химии, геохимии и космохимии
• Кафедра ядерной физики
• Кафедра теоретической физики
• Кафедра нанотехнолгий и новых материалов
• Кафедра прикладной математики и информатики
• Кафедра экологии и наук о Земле
• Кафедра энергии и окружающей среды

    Факультет экономики и управления

• Кафедра экономики
• Кафедра управления проектами
• Кафедра государственного и муниципального управления
• Кафедра социальной работы
• Кафедра менеджмента
• Кафедра системного моделирования экономико-производственных процессов

Подразделения факультета экономики и управления

• Научно-исследовательская лаборатория моделирования экономико-производственных процессов на предприятиях

    Факультет социальных и гуманитарных наук

• Кафедра социологии и гуманитарных наук
• Кафедра лингвистики
• Кафедра психологии
• Кафедра клинической психологии
• Кафедра государственно-правовых дисциплин
• Кафедра гражданско-правовых дисциплин
• Кафедра уголовно-правовых дисциплин

Подразделения факультета социальных и гуманитарных наук

• Лаборатория экспериментальной психологии
• Психологический Центр имени В.М. Мунипова 

    Институт системного анализа и управления

• Кафедра системного анализа и управления
• Кафедра распределённых информационных вычислительных систем
• Кафедра информационных технологий
• Кафедра устойчивого инновационного развития
• Кафедра персональной электроники

Подразделения Института САУ

• Отдел обеспечения работы компьютерных кабинетов
• Центр дистанционного обучения
• Учебная лаборатория информационных систем в образовании
• Учебно-научная лаборатория геоинформационных систем в управлении и природопользовании
• Лаборатория муниципального управления и информации
• Научно-исследовательский центр «управления знаниями и распределенных вычислений»
• Академический центр компетенции IBM в области проектирования виртуальный предприятий
• Центр прикладной синергетики

    Общеуниверситетские кафедры

• Кафедра общей физики
• Кафедра физической культуры спорта
• Кафедра иностранных языков и русского как иностранного 
• Кафедра довузовской подготовки и дополнительного образования

    Филиалы

• Филиал «Дмитров» (Дмитровский институт непрерывного образования)
• Филиал «Угреша»
• Филиал «Протвино»
• Филиал «Котельники»

    Колледж

• Колледж университета "Дубна"

Подразделения университета

Учебно-научные подразделения

• Управление по учебной работе
• Департамент заочного образования
• Отдел аспирантуры
• Библиотечный комплекс
• Отдел анализа рынка труда и планирования профессиональной карьеры
• Издательство учебной литературы и учебных пособий
• Отдел качества образования и инноваций в образовании
• Центр подготовки кадров Особой экономической зоны «Дубна»
• Учебно-научное бюро
• Отдел информационных и телекоммуникационных систем
• Отдел мультимедиа технологий и презентаций
• Отдел международного сотрудничества
• Научно-исследовательский и проектный институт социо-природных систем
• Эколого-аналитический центр
• Центр просвещения имени академика А.Н. Сисакяна
• Ресурсный центр кадрового сопровождения наукоемких технологий в промышленном производстве и природопользовании

Социально-культурные подразделения

• Отдел по внеучебной и воспитательной работе
• Отдел по социальной защите студентов

Административно-хозяйственные подразделения

• Отдел кадров
• Планово-финансовое управление
• Управление бухгалтерского учета
• Хозяйственное управление
• Общий отдел